按照中国农业科学院研究生院 “院所结合、两段式”模式(即研究生三年学习期间，第一学年在中国农业科学院研究生院就读，第二、第三学年回研究所完成实验任务及学位论文，研究生学籍归属于中国农业科学院研究生院)，我所着力培养研究与应用相结合的复合型专业人才。

     农业部沼气科学研究所现有硕博导师15人。目前已设置微生物学、生物化学与分子生物学、农业微生物学、农业生物环境与能源工程、环境科学及环境工程、农业资源利用等专业。主要从事厌氧微生物基础性及应用基础理论研究、沼气发酵工艺及装置研究、高浓度有机废水厌氧消化工艺及厌氧消化液后处理、城镇生活污水分散厌氧处理、沼气脱硫与废水脱氮除磷、沼气生产及热电联供系统工程技术研究、沼气生产、净化及利用装备及相关设备的研制开发、农村能源、生态建设技术及有关政策研究、生物质能源综合利用技术研究。面对能源与环境的双重压力，结合我所学科优势，我所将深入到能源、畜牧、环境、食品、石油、地质、化工等行业，形成多方面、多层次、多渠道、多形式的研究格局。

     自上世纪80年代起我所曾先后与清华大学、四川大学、中国石油大学、四川农业大学等院校联合，培养硕士研究生30余名。2003年，我所开始招收微生物学、农业环境工程与能源工程及环境工程3个专业硕士研究生，截止2011年已累计独立培养硕士研究生44余人，留学生1名。