2016年是“十三五”规划开局之年，也是沼气所科技创新工程由试点探索期转入调整推进期的第一年，全所上下团结奋进、开拓创新，以科技创新工程为引领，推动全所各项工作迈上新台阶，实现科研立项与科研经费再创新高。

截止2016年11月底，全所纵向在研科研项目44项，其中2016年新增课题14项，在研项目合同经费共计5288.95万元，留所经费2743.3万元，同比分别增33%和53%；申报12项国家自然科学基金通过初审，获批3项青年基金；申报3项国家重点专项，获批课题1项；申报23项省部级科研专项，获批10项。全所发表科研论文82篇，其中院选顶级SCI论文1篇、院选核心SCI论文 21篇、其他SCI和EI论文19篇、院选中文核心3篇、其他中文核心38篇。院选核心SCI论文数同比增69.2%。有1篇论文获农业部领导批示。

2017年，沼气所将着眼于国家发展战略、行业重大科技需求和农业部重点工作，按照“十三五”科研工作发展规划，重点做好以下六方面工作：一是进一步凝练学科发展方向，二是进一步深化体制机制改革，三是进一步加强人才队伍建设，四是进一步做好行业技术服务，五是进一步改善科研设施条件，六是抓好党建和党风廉政建设。